前提说明
部署一个 Java EE 程序到 Weblogic 12c 上很简单，WebLogic 12c 已经支持 JPA 2.1 标准，使用的 ecipse-link 作为默认实现。
我们使用的是 JPA，实现是基于 Hibernate 的，部署到 Weblogic 的时候一直有 jar 包冲突。
环境说明
程序中使用的 JPA 和实现如下：
hibernate-4.3.5.Final.jar
hibernate-jpa-2.1-api-1.0.0.Final.jar
本来以为只要在 weblogic.xml 里描述符就 OK 了。于是改成了这样：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<wls:weblogic-web-app
xmlns:wls="http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/javaee http://java.sun.com/xml/ns/javaee/ejb-jar_3_0.xsd
http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app/1.4/weblogic-web-app.xsd">
<wls:context-root>/</wls:context-root>
<wls:container-descriptor>
<wls:prefer-web-inf-classes>true</wls:prefer-web-inf-classes>
</wls:container-descriptor>
</wls:weblogic-web-app>
但是一直有问题，网上找了好久，找到了 http://javaiscoool.blogspot.com/2012/12/deploy-jpa20-application-on-weblogic1033.html，才发现，需要修改 persistence.xml 的文件名，很诡异。 不知道为什么，只要是 persistence.xml，WebLogic 不论如何都是使用它自己的实现进行解析，结果一直 jar 包冲突。
解决办法
修改 persistence.xml 为其他的名字如 foo.xml（foo.xml 为示例作用），并且要将这个名字配置到 Spring 的 applicationContext.xml 中，我的程序是使用 Spring 的。
<bean id="entityManagerFactory"
class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean">
<property name="persistenceXmlLocation" value="classpath:META-INF/foo.xml"/>
<property name="persistenceUnitName" value="persistenceUnit" />
<property name="dataSource" ref="dataSource" />
</bean>
注：persistenceUnitName 和 dataSource 的值，请按项目自行修改。
然后，添加 WEB-INF/weblogic.xml，使用了 WebLogic 的 prefer-application-packages 描述符，具体内容如下：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<wls:weblogic-web-app
xmlns:wls="http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/javaee http://java.sun.com/xml/ns/javaee/ejb-jar_3_0.xsd
http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app http://xmlns.oracle.com/weblogic/weblogic-web-app/1.4/weblogic-web-app.xsd">
<wls:context-root>/</wls:context-root>
<wls:container-descriptor>
<wls:prefer-application-packages>
<wls:package-name>antlr.*</wls:package-name>
<wls:package-name>org.apache.commons.*</wls:package-name>
<wls:package-name>javax.persistence.*</wls:package-name>
<wls:package-name>org.hibernate.*</wls:package-name>
</wls:prefer-application-packages>
</wls:container-descriptor>
</wls:weblogic-web-app>
这样，WebLogic 就会使用项目内的 jar 包了。
参考资料
Deploy JPA2.0 application on weblogic10.3.3
weblogic.xml Deployment Descriptor Elements